在国际贸易中，银行保函是一种常见的付款方式。当买卖双方因距离遥远或不熟悉对方信用时，往往会通过银行来提供担保，以确保交易顺利进行。银行保函是银行应客户申请开立的、保证在一定条件下履行义务的书面承诺。当交易一方（申请人）向银行提出申请，由银行出具保函给另一方（受益人），保证在一定条件下，申请人或银行将支付一定的金额给受益人。这是一种信用担保工具，可以有效地降低交易风险，保障双方的权益。

那么，银行保函的款项是由谁支付的呢？一般来说，银行保函的款项由申请人支付。申请人向银行提出申请，并提供一定的担保，银行在评估风险后，同意为申请人开立保函。申请人需要支付一定的手续费和佣金，银行则提供担保服务。当交易完成或保函到期时，如果申请人没有违约，银行将不会支付任何款项，手续费和佣金将作为银行的收入。

但是，如果申请人出现违约行为，银行将根据保函的条款履行支付义务。这意味着银行需要代申请人支付保函金额给受益人。那么，银行支付的款项最终还是要由申请人来承担。银行会通过一定的渠道向申请人追偿，以弥补自己的损失。因此，从本质上来说，银行保函的款项还是要由申请人来支付，只不过是通过银行来提供担保和支付服务。

银行保函的付款流程一般如下：首先，申请人向银行提出开立保函的申请，并提供一定的担保。担保的形式可以是现金存款、定期存单、房地产等。银行将评估申请人的信用和担保情况，如果符合要求，则同意开立保函。其次，银行根据申请人的要求和双方的协议，出具保函给受益人。保函中会明确保证内容、期限、金额等重要信息。再次，受益人收到保函后，可以确认银行的担保，并与申请人进行交易。最后，如果申请人没有违约，则在交易完成或保函到期后，保函自动失效，银行不会支付任何款项。如果申请人出现违约，则银行将根据保函的条款，支付相应的款项给受益人。

从上面的流程可以看出，银行保函的付款流程是比较严谨和有保障的。银行在其中起到了第三方担保的作用，有效地保障了交易的安全性。当然，银行也会对申请人有一定的资信要求，以确保银行自身的利益不受损失。因此，银行保函一般只适用于有实力、有信用的企业或个人。

银行保函的付款方式是灵活多样的，可以根据申请人和受益人的要求进行设定。常见的付款方式有即期付款、远期付款、见票付款、分批付款等。即期付款是指在交易完成或受益人提出要求时，银行立即支付保函金额。远期付款是指在保函到期时，银行支付保函金额。见票付款是指在受益人提交符合要求的提款文件时，银行支付保函金额。分批付款是指在一定期限内，银行分批支付保函金额。

不同的付款方式有不同的优缺点，申请人和受益人可以根据自己的需求进行选择。即期付款可以快速获得资金，但风险较大；远期付款可以延迟付款时间，降低风险；见票付款可以确保资金用于指定用途；分批付款可以缓解资金压力。因此，在选择付款方式时，需要综合考虑交易风险、资金需求、现金流等因素。

银行保函的费用一般包括手续费和佣金。手续费是银行提供担保服务的固定费用，一般按照保函金额的一定比例收取。比如，手续费率为0.5%，保函金额为100万元，则手续费为0.5%*100=5000元。佣金是银行提供付款服务的变动费用，一般按照实际支付金额的一定比例收取。比如，佣金率为0.3%，银行实际支付50万元，则佣金为0.3%*50=1500元。手续费和佣金是银行提供保函服务的重要收入来源，也是申请人需要考虑的成本。

银行保函的费用一般由申请人承担，这是因为申请人获得了银行的担保服务和付款承诺。当然，受益人也可以与申请人协商，分担一部分费用。在实际操作中，银行保函的费用可以有多种支付方式，比如一次性支付、分期支付、到期支付等。一次性支付是指在开立保函时，一次性支付全部费用。分期支付是指在保函有效期内，分多次支付费用。到期支付是指在保函到期时，支付剩余的费用。不同的支付方式有不同的财务成本，申请人可以根据自己的资金情况进行选择。

银行保函的退款是指在保函到期或取消时，申请人可以向银行申请退还部分或全部费用。一般来说，手续费和佣金是不可退还的，因为银行已经提供了担保服务和付款承诺。但是，如果保函在到期前取消，银行没有实际支付任何款项，申请人可以向银行申请退还部分费用。比如，银行收取了5000元手续费和1500元佣金，如果在保函到期前取消，申请人可以向银行申请退还部分佣金，比如退还500元。当然，具体的退款政策要根据银行的规定和双方的协议而定。

银行保函的退款流程一般如下：首先，申请人向银行提出退款申请，并提供必要的证明文件。其次，银行审核申请人的要求和证明文件，如果符合退款条件，则同意退款。再次，银行按照双方的协议，退还相应的款项给申请人。最后，申请人确认收款，并签署必要的收款文件。

银行保函的退款条件一般包括：保函到期或取消、银行没有实际支付任何款项、申请人没有出现违约行为等。如果满足上述条件，申请人可以向银行申请退款。当然，银行也可能有额外的退款条件，比如在一定期限内申请退款等。因此，在开立保函时，申请人需要仔细阅读银行的条款和协议，了解退款的具体要求和流程。

综上所述，银行保函的款项一般是由申请人支付的，银行提供担保服务和付款承诺，申请人需要支付一定的手续费和佣金。如果申请人出现违约，银行将根据保函的条款支付相应的款项，但这部分款项最终还是要由申请人来承担。银行保函是一种灵活多样的付款方式，可以有效地保障交易安全，但同时也需要申请人承担一定的成本和风险。因此，在使用银行保函时，需要全面考虑自身的实力和需求，选择适合自己的付款方式和费用结构。